Hola, dos soluciones. La primera es utilizar cualquier editor de partituras. Sólo tienes que copiar todo el contenido de la partitura y transponer. MuseScore es gratuito. La segunda solución es PHOTOSCORE, que escanea la partitura y, en su función de transposición, hace toda la transposición. Sólo queda guardar como PDF. Y la tercera solución en la que no hay nada que hacer... todas las colas de las notas apuntan a la octava superior o inferior. Todo lo que tienes que hacer es añadir una segunda cabeza de nota donde termina la cola de la nota.